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守備位置や人気により複数チームを合併させてオリジナルの連合チームを作成出来る「れんごう」モードの追加。 打撃練習・守備練習モードがそれぞれ追加。成績によって、監督のセリフが変わる。 各球団ごとに、当時の監督の顔グラフィックが用意されている（ナムコスターズはパックマン）。タイム時や、打撃・守備練習、試合終了後のスポーツニュースに登場。
ンはモーションキャプチャで作られている。 試合中に野次が飛ぶ仕様も前作の「スーパーファミスタ」シリーズ（4〜5）から受け継がれている。球場によって異なる6種類の方言の野次が用意されている。この内、関東圏の球場には、標準語が聞ける球場とコギャル語の野次が聞ける球場がある（流れる球場は神宮の森球場とナムコ球場で音声は「超MM」など）。
かせんじき - 前2作に引き続き登場。巨人軍多摩川グラウンド（当時）がモデル。両翼85m・センター110m。 ふえいふえい - 新登場。フェンウェイ・パークがモデル。左翼95m・右翼92m・センター119m。 シリーズ初の左右非対称型グラウンド。レフト側の巨大フェン
まりん - ZOZOマリンスタジアムがモデル。両翼100m・センター122m。ホームランを打つとヨットが横切る。 かわさき - 川崎球場がモデル。両翼90m・センター118m。ホームランを打つと飛行機が飛ぶ。 しかご - リグレー・フィールドがモデル。両翼108m・センター122m。ホームランを打つと飛行船が飛ぶ。
ナムコキャラクターのオールスターチーム どうむ - 東京ドームがモデルの空気圧式ドーム球場。人工芝グラウンド。 なかはら - ライトスタンド後方に富士山を望む天然芝グラウンドの球場。ファウルグラウンドが狭く、スタンドが低いためホームランが出やすい。モデルとなった球場は不明。 COMMERCIAL PHOTO
球場はじんぐうのもりが前作に引き続き登場している他、以下の2種類が選択可能。 うまかドーム - 福岡ドームがモデル。両翼100m・センター122m。 アクアリウム - 外野一面がガラス張りの球場。内外野とも土のグラウンド。両翼90m・センター110m。 ファミスタ'94必勝攻略法（双葉社） ファミリーコンピュータのゲームタイトル一覧
球場は以下の3種類。 じんぐうのもり - 明治神宮野球場がモデル。両翼91m・センター120m。 ろっこうさん - 阪神甲子園球場がモデル。'89開幕版以来の復活だが、ラッキーゾーンが撤去され両翼が96mに。 もくぞうドーム - 出雲ドームがモデル。両翼90m・センター110m。
に監督を3タイプから1人選び、候補選手からメンバーを決定する。しかし、候補選手は全員が参加を了承する訳ではなく参加を拒否する選手や態度を保留する選手もおり、態度保留の選手は最大4名までを選びルーレットで交渉成立となれば参加が決定する。 増田 - 超有名監督。最初から能力の高い選手が集まりやすいが、キャンプでの能力の伸びは期待出来ない。
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