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次に、ウイルスは宿主細胞の複製機構を制御する必要がある。この段階で、宿主細胞の感受性(英: susceptibility)と許容性（英語版）(英: permissibility)が区別される。許容性は、感染の結果を決定する。制御が確立され、ウイルスがそれ自身のコピーを作り始めるための環境が整えられると、数百万の複製が迅速に行われる。