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実際に適用する際は数千から数百万件の配列を扱うことになり、またデータ中には転写やシークエンシングなどのエラーも入ってくる。 このため実際のプロジェクトでこれらのアライメントの計算を行うには膨大な計算機資源が要求される。 2000年にはショットガン・シークエンシング法は、セレラ・ジェノミクス社によって
とは、DNAを構成するヌクレオチドの結合順序（塩基配列）を決定することである。単にシークエンシングやシーケンシングとも呼ばれる。DNAは生物の遺伝情報を担う分子であり、基本的にはATCGの4種類の塩基からなる配列の形で符号化されている。そのため、DNAシークエンシングによりこの塩基の順序を調べることは、遺伝情報を解析する
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