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SS-598「やえしお」 SS-599「せとしお」 第6潜水隊 SS-505「ずいりゅう」 SS-506「こくりゅう」 SS-509「せいりゅう」 横須賀潜水艦基地隊 ^ 自衛官俸給表の1等陸佐、1等海佐及び1等空佐の（一）欄又は（二）欄に定める額の俸給の支給を受ける職員の占める官職を定める訓令 ^ 自衛艦隊HP
Ausbildungsflottille（訓練隊）として設立された。新兵を対象にした3-4週間に渡る射撃、魚雷発射訓練を主に行った。1945年には赤軍が東欧に深く攻入ったため母港をヴァーネミュンデに移動している。1945年5月ドイツ降伏のため解隊。 1941年4月 - 1945年 ピラウ 1945年 - 1945年5月
この潜水隊はUボート全乗組員を対象とした8日から15日間に及ぶバルト海上における護送船団への攻撃戦術や模擬戦闘訓練が行われ、最低でも2回以上の訓練が必修となっており、そこで満足の行く結果を出さなければならない。同時に新しく配属されたUボートの最終訓練所となっている。 1940年1月 - 1945年3月 ゴーテンハーフェン UD
1960年（昭和35年）12月1日：第6護衛隊を第3護衛隊群へ編成替え。 1961年（昭和36年） 2月1日：第10護衛隊を第2護衛隊群へ編成替え。 9月1日：護衛艦隊新編に伴い第1護衛隊群が自衛艦隊直轄から護衛艦隊隷下に編成替え。 ※ 編成（司令部、旗艦「ゆきかぜ」、第7護衛隊、第8護衛隊、第9護衛隊）
水戦隊がSSGNの、第20潜水戦隊がSSBNの指揮をとるようになった。分離ののち、2つの戦隊は、将来の計画と運用について異なる見通しをとった。第16潜水戦隊は、「オーバーホール期間中及び期間後のSSBNの支援とともにある数多ある任務のなかでも、SSGNの多任務能力に焦点を当て、打撃戦
戦後の同戦隊は、スコットランドのホーリー・ロッホを拠点とする、ポラリスおよびその後継のポセイドンを搭載した艦隊弾道ミサイル (FBM) 潜水艦で構成されていた。戦隊は大西洋潜水艦隊（英語版）（ComSubLant,Submarine Force, U.S. Atlantic
発足以降は自衛隊全体で統合運用が始まり、フォースユーザ―（事態対処責任者）とフォースプロバイダー（練度管理責任者）の考え方が導入されたため、現在の潜水艦隊司令官はフォースプロバイダ―として隷下部隊の練度管理を行い、フォースユーザーの自衛艦隊司令官に部隊を提供する役目を担っている。
2023年3月に、6個高射群から4個高射群への再編に伴い、第4高射群とともに廃止・統合され、中部高射群となる。 陸上自衛隊第101高射大隊 1963年（昭和38年）1月17日：陸上自衛隊第101高射大隊が習志野駐屯地において編成完結。 第1高射群 1964年（昭和39年）4月1日：陸上自衛隊から航空自衛隊にMIM-3
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