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無菌（むきん、英: asepsis, [eɪsépsɪs]）もしくは無菌状態（むきんじょうたい、英: aseptic, [eɪséptɪk]）とは、真正細菌、ウイルス、菌類、寄生生物のような病原性の汚染生物とその生成物（コンタミナント）を除去した状態、もしくはこれら微生物と接触しない状態にあることをいう。
無菌動物(英: Germ-free animals)とは体内および体表に微生物（ウイルスや寄生虫を含む）が存在しない動物（現実的には検出可能な全ての微生物が存在しない動物）。無菌動物はウイルス、細菌、寄生虫などの要因を制御するために無菌のアイソレータ内で飼育される 。無菌動物
無菌操作 (むきんそうさ、英: aseptic technique、asepsis) は、操作対象が外界環境の微生物に汚染されないように行う特別の手技、手法をいう。医療現場で行なわれるものと、培養法のような微生物学実験室で行われるものがある。 Ayliffe et al.
無菌病室（むきんびょうしつ）とは、血液疾患などの治療に用いる病室である。 徹底した空気清浄を行い陽圧化（又は無菌室内に感染病患者が存在する場合には内部の汚染空気を封入する事を目的とした陰圧の無菌室）したクリーンルームである。清浄度は国際標準化機構（ISO）等を代表する規格により規格化されている。
無菌播種（むきんはしゅ）とは、植物の人工的繁殖法の一種。種子を次亜塩素酸ナトリウムなどで殺菌して、微生物・菌類などを排除してから、栄養成分の入った培地などに無菌的に種子をまくこと。無菌培養ともいう。 ラン科の植物の種子はほとんど栄養分を含んでいないので、ラン菌と呼ばれる微生物と共生状態になり、栄養分
※一※ （名）
1271/nogeikagaku1924.77.124. ^ クモラン（Taeniophyllum aphyllum）の菌根菌同定と共生培養 (PDF) ^ 菌根菌と植物との共生におけるシグナル物質を解明科学技術振興機構 キノコ アーバスキュラー菌根 窒素固定、窒素循環 菌根菌について（京都府立大学大学院農学研究科）
(1)菌類。
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